fix: correct run.sh script parameters and disable HNSW code (v0.3.1)

- Fix syntax error in run.sh: remove extra quote and correct --log-path to --log-file
- Comment out HNSW algorithm implementation in enc.rs and algorithms.rs to simplify codebase
- Bump version to 0.3.1 in Cargo.toml
- Remove HNSW implementation guide and test files
- Add comprehensive project writeup documentation

writeup.md

@@ -0,0 +1,32 @@
+# 0xfa队 writeup
+
+## 全同态加密算法介绍
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+加密算法方面选择了thfe算法，库方面选择了较为成熟的thfe-rs算法。
+
+### 算法参数
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+Message bits: 2位
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+Carry bits: 2位
+
+噪声分布: TUniform (tweaked uniform)
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+Bootstrap失败概率: ≤ 2^-128 (CPU后端)
+
+## knn算法实现细节
+
+将欧式距离公式拆分：
+
+> sum((a-b)^2)=sum(a^2) - sum(2a\*b) + sum(b^2)
+
+减少了密文态的乘法和加法操作
+
+选择上实现了双调排序，将100个距离结果，用最大值填充至128个结果。
+然后进行并行排序，最后选择前十个密文。
+
+两个操作都使用了rayon库做多核并行计算
+
+## 本地测试结果
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+在本地i9-10920X（12核24线程)情况下，运行时间约9min(4min+5min)